como estas te dejo un video donde explican la instalacion, en un punto te pregunta si deseas migrar esxi y preservar el VMFS, instalar esxi preservando VMFS o Sobreescribir, asi que podrias realizar el update sin problemas.
Esta en ingles pero si sigues paso a paso no habria problemas.
vSphere 5 - Migrating from ESX 4.1 to ESXi 5.0 - YouTube
Saludos.
